Ich möchte, dass sich der Brutto / Netto Wechsel nur auf die Anzeige im Shop auswirkt. Im Bestellprozess soll das Plugin keinen Einfluss haben. Ist das möglich?

Ja, das ist möglich. In den Plugin-Einstellungen unter Einstellungen > Erweiterungen > Preis Brutto / Netto Umschaltung gibt es die Konfigurationsoption "Anwendung". Wählen Sie dort "Eingeschränkt: Nicht im Warenkorb und Bestellprozess" aus. Damit wird die Brutto/Netto-Umschaltung nur für die Anzeige im Frontend verwendet – Warenkorb und Bestellprozess bleiben davon unberührt und arbeiten stets mit Netto-Preisen.